Il bunker realizzato ad uso di Mussolini è stato rinvenuto in epoca recente grazie a circostanze fortuite durante i lavori di riqualificazione del piano terra dell'ala detta "Palazzetto San Marco". Qui si stavano sgomberando dei magazzini aperti sul cortile, per creare un collegamento con l'Archivio fotografico, quando sul pavimento è spuntata una botola in legno e ferro. Sotto è apparsa una scalinata in mattoni in cattivo stato di conservazione. Questo passaggio, attraverso dei cunicoli di probabile epoca romana, conduce al bunker. La costruzione della struttura blindata non è documentata e fu avviata probabilmente verso la fine del 1942, con l'aggravarsi della minaccia dei bombardamenti degli Alleati. In effetti è stata poi dimostrata l'esistenza di un piano segreto della Raf inglese - noto come "Operazione Dux" - che aveva l'obiettivo di uccidere Mussolini colpendo in contemporanea la sua abitazione (Villa Torlonia) e la sede di lavoro (Palazzo Venezia). La realizzazione del bunker fu verosimilmente interrotta con l'arresto di Mussolini il 25 luglio 1943. La struttura appare infatti incompleta, seppure completata solo nella parte edilizia. Sulle pareti e sui pavimenti, rimasti allo stato grezzo, si notano dei fori da mettere in relazione al sistema di aerazione e a quello fognario. I muri perimetrali, che poggiano sulle fondamenta di una vecchia torre, raggiungono lo spessore di due metri. Mussolini dunque non ha mai utilizzato questo bunker e non sono state realizzate le necessarie vie di fuga. Da segnalare, come curiosità, il fatto che la struttura blindata è localizzata nella parte di palazzo dove all'ultimo piano aveva un appartamento privato Claretta Petacci, amante storica di Mussolini.

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